Temporada 1961-62

Recopa de Europa 60-61	Primera ronda, ida	16-10-1961	Estadio, Linz	Swansea City	2 - 2	Motor Jena
Brayley Reynolds 16, Mel Nurse 70p ||| Dieter Lange 14, Roland Ducke 32
Recopa de Europa 60-61	Primera ronda, vuelta	18-10-1961	Ernst Abbe, Jena	Motor Jena	5 - 1	Swansea City
Helmut Müller 15 26, Dieter Lange 61, Peter Ducke 75, Roland Ducke 80 ||| Brayley Reynolds 8
Recopa de Europa 61-62	Octavos de final, ida	17-12-1961	Ernst Abbe, Jena	Motor Jena	7 - 0	Alliance Dudelange
Horst Kirsch 1 28, Helmut Müller 41, Dieter Lange 47 64, Peter Ducke 63, Dini Piccini 72pp
Recopa de Europa 61-62	Octavos de final, vuelta	19-12-1961	Georgi Dimitrov, Erfurt	Alliance Dudelange	2 - 2	Motor Jena
Henri Cirelli 39, Jacques Bellion 53 ||| Horst Kirsch 72, Peter Ducke 76
Recopa de Europa 61-62	Cuartos de final, ida	22-02-1962	Ernst Abbe, Jena	Motor Jena	0 - 1	Progresul București
Marin Voinea 44
Recopa de Europa 61-62	Cuartos de final, vuelta	25-02-1962	23 de Agosto, Bucarest	Progresul București	1 - 3	Motor Jena (pr)
Nicolae Oaidă 56 ||| Dieter Lange 59, Hans Schreier 80, Horst Kirsch 98
Recopa de Europa 61-62	Semifinales, ida	28-03-1962	Ernst Abbe, Jena	Motor Jena	0 - 1	Atlético Madrid
Joaquín Peiró 61
Recopa de Europa 61-62	Semifinales, vuelta	11-04-1962	Estadio Metropolitano, Madrid	Atlético Madrid	4 - 0	Motor Jena
Jorge Mendonça 14 60, Miguel Jones 18 54

Temporada 1963-64

Copa de Europa 63-64	Primera ronda, ida	18-09-1963	23 de Agosto, Bucarest	Dinamo București	4 - 0	Motor Jena
Ion Nunweiler 13, Ion Țîrcovnicu 25, Iosif Varga 28, Emil Petru 74
Copa de Europa 63-64	Primera ronda, vuelta	25-09-1963	Ernst Abbe, Jena	Motor Jena	0 - 3	Dinamo București
Ion Țîrcovnicu 55, Ion Haidu 71, Constantin Frățilă 82

Temporada 1968-69

Copa de Europa 68-69	Primera ronda, ida			Crvena Zvezda Beograd	Susp.	Carl Zeiss Jena
-
Copa de Europa 68-69	Primera ronda, vuelta			Carl Zeiss Jena	Susp.	Crvena Zvezda Beograd
-

Temporada 1969-70

Copa de Ferias 69-70	Treintaidosavos de final, ida	16-09-1969	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	1 - 0	Altay SK
Helmut Stein 42
Copa de Ferias 69-70	Treintaidosavos de final, vta.	01-10-1969	Alsancak, Esmirna	Altay SK	0 - 0	Carl Zeiss Jena
-
Copa de Ferias 69-70	Dieciseisavos de final, ida	12-11-1969	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	2 - 0	US Cagliari
Peter Rock 63, Harald Irmscher 73p
Copa de Ferias 69-70	Dieciseisavos de final, vuelta	26-11-1969	Amsicora, Cagliari	US Cagliari	0 - 1	Carl Zeiss Jena
Helmut Stein 8
Copa de Ferias 69-70	Octavos de final, ida	14-01-1970	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	0 - 1	Újpesti Dózsa
Sándor Zámbó 88
Copa de Ferias 69-70	Octavos de final, vuelta	21-01-1970	Estadio del Pueblo, Budapest	(pr) Újpesti Dózsa	1 - 1	Carl Zeiss Jena
László Fazekas 94 ||| Peter Ducke 53

Temporada 1970-71

Copa de Europa 70-71	Dieciseisavos de final, ida	16-09-1970	Fenerbahçe, Estambul	Fenerbahçe SK	0 - 4	Carl Zeiss Jena
Werner Krauß 44, Peter Ducke 70 85, Ebse Vogel 86
Copa de Europa 70-71	Primera ronda, ida	30-09-1970	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	1 - 0	Fenerbahçe SK
Ebse Vogel 43
Copa de Europa 70-71	Octavos de final, ida	21-10-1970	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	2 - 1	Sporting Portugal
Ebse Vogel 51, Lothar Kurbjuweit 87 ||| Marinho Mateus 67
Copa de Europa 70-71	Octavos de final, vuelta	04-11-1970	José Alvalade, Lisboa	Sporting Portugal	1 - 2	Carl Zeiss Jena
Vítor Gonçalves 79 ||| Peter Ducke 30, Lothar Kurbjuweit 36
Copa de Europa 70-71	Cuartos de final, ida	10-03-1971	Ernst Abbe, Jena	Carl Zeiss Jena	2 - 3	Crvena Zvezda Beograd
Michael Strempel 16, Peter Ducke 21 ||| Slobodan Janković 42, Dragan Džajić 57, Stanislav Karasi 84
Copa de Europa 70-71	Cuartos de final, vuelta	24-03-1971	Crvena Zvezda, Belgrado	Crvena Zvezda Beograd	6 - 0	Carl Zeiss Jena
Milovan Đorić 14, Zoran Filipović 30, Stevan Ostojić 60, Stanislav Karasi 78, Branko Klenkovski 85, Trifun Mihailović 88